最常見的症狀是骨盆腔疼痛，通常在經期前或經期中發生，但其他時間點也有可能發生。
- 嚴重經痛
- 性交痛
- 慢性骨盆腔疼痛
- 其他胃腸道不適，如：腹瀉、便秘和噁心
- 排尿或排便疼痛
- 下背痛或腹部疼痛
子宮內膜異位症引起的經痛與一般的經痛不同，通常更為嚴重，會在月經週期中較早期發生，且持續較久。
子宮內膜異位症可能會在性交中或性交後造成腹腔和/或骨盆腔深處疼痛。
有些女性可能會有腹部和骨盆腔疼痛的症狀，疼痛發生時間與月經週期並無相關，但幾乎每天都會發生且持續超過六個月。
患有子宮內膜異位症的女性在經期時可能會出現這些症狀。
子宮內膜異位症的女性可能會在經期時感到排尿或排便疼痛；對嚴重侵襲腸道或膀胱的女性，可能連兩次經期之間 (非經期時段) 都會感到疼痛。